A fines de 2003, la UNPA definió la Estructura Académico Administrativa, teniendo como encuadre lo estipulado en el Estatuto de la UNPA, como son las misiones y funciones de la Universidad y de sus órganos máximos de gobierno (Asamblea Universitaria y Consejo Superior).  A partir de ello se establecieron  las estructuras necesaria para el funcionamiento adecuado del Rectorado y de cada Unidad Académica. Tambien se formalizaron las características generales de los programas especiales que la Universidad requiere para la implementación o fortalecimiento de funciones que resultan estratégicas para la UNPA y cruzan horizontalmente diferentes áreas de la organización.
En trabajo incluye la determinación de los cargos necesarios y el número de puestos de trabajo según los grados de responsabilidad y los volúmenes de trabajo asociado a cada sector.

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